ありがとうございます。
再度ダウンロードしましたが、結果は変わりませんでした。
以下試したことと、結果です。×の時の現象はすべて同じです。
・ダウンロードしたファイルを展開したままのフォルダでsakura.exe実行 → ×
・v2.379の時のフォルダにv2.380のsakura.exeを移動させて実行 → 〇
・v2.380のフォルダにv2.379のsakura.exeを移動させて実行 → ×
以上のテストはすべて「既存のmml」を読んで試したものでした。そこで
・まっさらなエディタにeeeeecccとだけ書いて再生 → 〇！
・新規作成のボタンを押し、テンプレートに適当に入れて最終行にeeeeddと書いて再生 → 〇！
・それを保存し、再び読み込んで再生 → ×
以上ご参考まで。私はメモ帳に書いてエディタにコピーもよくやるので、v2.379でカーソルが消えても大丈夫です。