「TrackSync;」をトラック1の前に書込めば同時に流れると思います。
ご参考に、
以下にサクラを立上げると出てくる「左側タブ」の「ひな形」から「3 高度な初期設定」抜粋を貼付けます。ここでは一番下の行に「TrackSync;」と書かれています。
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//_初期設定
TimeBase = 96 // 四分音符分解能
Tempo = 120 // テンポの設定(20~240を推奨)
TimeSignature = 4,4 // 拍子記号の設定→2,4は2/4拍子を表す
KeyFlag#() // 調号の設定→例)調#(ドファ)
System.MeasureShift(1) // 小節数のシフト設定
ResetGM(); // GM音源用リセット
Time(1:1:0); TrackSync;// トラックの同期