何となく見えてきましたが・・・
一度、用語の整理かねて、でさむさんご自身がやりたい事を整理してみて下さい。
まず、「やりたい事」は何でしょう？
１．Windows8上で、Midiを再生すると音がおかしい
だから、TW-MUSIC2を使いたい。
２．サクラからTW-MUSIC2の呼び出しと曲の再生が出来た
３．TW-MUSIC2から直接再生しようとしたが、エラー表示で再生が出来なかった。
という流れで宜しいでしょうか？
で、これとは別件で「Midiファイル」を欲する理由は何でしょう？
TW-MUSIC2もサクラもmmlまたはtmsファイルで再生は可能なはずですが。
とりあえず一旦、用語と、何が出来るかを整理しましょう。
・Midiファイルとは・・・
機械が認識できる「楽譜のような物」であり、
このファイル自身には音色自体は入っていません。
・Windows8で再生すると何故音が変か？
Windowsが内蔵している音源(midiファイルを読み取って音を出す物)はありますが、
windows7から、内容の縮小化が行われており、XPに比べると不完全な状態となってしまいました。
その影響だと思われます。
・TW-MUSIC2とはいったいなんぞや？
実の事を言うと、Windowsが内蔵する音源をフルで活用するためのソフトウェアであり、
サクラのようにMMLを翻訳してMidiとして再生させる事が出来るアプリです。
音はWindowsで直接再生するより音が良く聴こえますが、ベースはWindows自体の音源なのです。
・Midiへの変換？
mmlファイルもtmsファイルも、実はそのままじゃ再生が出来ません。
どちらも一度Midiファイルにする必要があります。
ただし、それはサクラもTW-MUSIC2も裏で自動的に行っており、
利用者が意識する必要が無い・・・ただそれだけです。
つまり、サクラから再生できる時点でMidiファイルの作成は可能です。
また、TW-MUSIC2で鳴らせなかったからと言って、Midiファイルが出来ない・・・という事はありません。
再生可否とMidiファイル生成可否は全くの別物です。
・SMAF変換？？
Midiファイルは、SMFというフォーマットなので、SMF変換が正しいかと。
SMAFと言うと、携帯で取り扱うMidiファイルの親戚に当たるデータの事を指します。
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整理すべき話の内容が何点か
（どのような操作をしてエラーとなったのか等）ありますので、
疑問点を分離してみると良いかと思います。
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ちなみに、TW-MUSIC2のエラー。
MMLファイルを「playListを変更」からやろうとしていませんでしょうか？
そこで選択するファイルは、単なるプレイリストファイルなので気を付けましょう。
PlayListに入れたい場合は、
TW-MUSIC2起動時に表示される「Play List」の曲一覧へ、
mmlファイルをドラッグ＆ドロップするだけで、リストへ登録されます。
（提示されたファイルもmmlファイルにして登録して再生できました）
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かなりごちゃごちゃと書いてしまいましたが、
ご不明な点がありましたらば、お手数ですが、再度お願い致します。
では、この辺で失礼いたします。